| 2003年，国家教育部发文《教育部关于启动高等学校教学质量与教学改革工程精品课程建设工作的通知》（教高[2003]1号）和《教育部关于印发<国家精品课程建设工作实施办法>的通知》（教高厅[2003]3号）等，上海市教委也根据国家教育部有关文件精神，开展了上海市2003年度高校精品课程申报工作。
学校教务处非常重视精品课程建设工作，积极贯彻教育部、上海市教委关于精品课程建设工作的精神，计划通过精品课程建设，丰富网上教学资源、提高教学质量，从而推动教学改革。2003年6月起，教务处在以往课程建设的基础上，开始在全校范围内启动精品课程建设工作，动员和要求学校各学院和教研室重视和强化课程建设，要求主干课程都争创“精品课程”。通过积极发动、精心组织，专家评议等形式，初选出31门课程，列入校级精品课程建设项目，另外还评选出3门课程申报上海市级精品课程，经上海市教育评估院组织专家评选，基础医学院“组织胚胎学”已被上海市教委推荐申报教育部国家精品课程。
目前，学校通过“精品课程”的建设，已有20多门课程设有专门的网页，组织胚胎学和病原生物学等一批课程的大纲、教案、习题、课件、幻灯片都已上网，可供学生自学、复习、模拟考试等，精品课程建设对学校教学改革和教学质量，是一个很大的促进和提高。
学校精品课程建设的未来目标是：通过精品课程，加强教研室的自身建设，优化教研室的师资队伍、推动教学改革、教材建设、题库建设等。由于医学传统教学有课时数多，同学自学时间少的特点，学校还想通过精品课程建设，丰富网上教学资源，提供学生自学，而达到缩短学时的教改目标。
具体内容详见上海第二医科大学精品课程建设网页：http://basic.shsmu.edu.cn/
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